バーコードオブライフデータを用いた生物種同定システム
 
システムの概要
本システムはCOIやITS, 16S ribosomal RNAなどの塩基配列を用いて構築されているバーコードオブライフプロジェクト のデータベースやDDBJの16S ribosomal RNA や gyrB の塩基配列と比較して任意のDNA配列の生物種を同定することが可能なシステムです。
■参照するデータベース
 以下のデータベースのいずれかを選択してください。
■代表配列のデータベース
バーコードオブライフデータベースやDDBJには同じ生物種名の塩基配列が含まれています。 生物種を同定するためにはその冗長性が扱いづらいため、以下のように１生物種につき １件の代表塩基配列としたデータベースを構築しています。

1. 同じ生物種名の配列を抽出して、生物種ごとにBLAST用のデータベースを作成する。
2. 各生物種の最も長い配列を抜き出して、その生物種の代表配列とする。その代表配列を用いて、1.で作成したデータベースに対してBLASTを実行する。
3. 同じ生物種名の全ての配列に対して 98 % 以上のIdentity がある代表配列のみを代表データベースに収録する。

・バーコードオブライフデータベース
COI(36,263件) データ更新日:2011年11月25日
rbcL(132件) データ更新日:2011年11月25日
ITS(924件) データ更新日:2011年11月25日
matK(410件) データ更新日:2011年11月25日
trnH-psbA(trnH遺伝子とpsbA遺伝子の間のDNA) (56件) データ更新日:2011年11月25日

・DDBJ
16S rRNA 細菌(143,804件) データ更新日:2011年11月25日(DDBJ リリース87)
gyrB(5,433件) データ更新日:2011年11月25日

■全件のデータベース
データベースの塩基配列全件に対して比較することが可能です。

・バーコードオブライフデータベース
COI(535,829件) データ更新日:2011年11月25日
rbcL(509件) データ更新日:2011年11月25日
ITS(4,245件) データ更新日:2011年11月25日
matK(1,003件) データ更新日:2011年11月25日
trnH-psbA(trnH遺伝子とpsbA遺伝子の間のDNA) (211件) データ更新日:2011年11月25日

・DDBJ
16S rRNA 細菌(287,477件) データ更新日:2011年11月25日(DDBJ リリース87)
gyrB(15,730件) データ更新日:2011年11月25日
Calanus (海洋プランクトン) (101件) データ更新日:2011年11月25日
同定対象のＤＮＡ配列:FASTAフォーマットで入力してください。

サンプルデータ：
COI,  rbcL,  ITS,  matK,  trnH-psbA,  16S rRNA 細菌,  gyrB,  Calanus,