バーコードオブライフデータを用いた生物種同定システム
 
システムの概要
本システムはCOIやITS, 16S ribosomal RNAなどの塩基配列を用いて構築されているバーコードオブライフプロジェクト のデータベースやDDBJの16S ribosomal RNA や gyrB の塩基配列と比較して任意のDNA配列の生物種を同定することが可能なシステムです。
■参照するデータベース
 以下のデータベースのいずれかを選択してください。
■代表配列のデータベース
バーコードオブライフデータベースやDDBJには同じ生物種名の塩基配列が含まれています。 生物種を同定するためにはその冗長性が扱いづらいため、以下のように１生物種につき １件の代表塩基配列としたデータベースを構築しています。

1. 同じ生物種名の配列を抽出して、生物種ごとにBLAST用のデータベースを作成する。
2. 各生物種の最も長い配列を抜き出して、その生物種の代表配列とする。その代表配列を用いて、1.で作成したデータベースに対してBLASTを実行する。
3. 同じ生物種名の全ての配列に対して 98 % 以上のIdentity がある代表配列のみを代表データベースに収録する。

・バーコードオブライフデータベース
COI(44,306件) データ更新日:2012年02月18日
rbcL(110件) データ更新日:2012年02月18日
ITS(881件) データ更新日:2012年02月18日
matK(512件) データ更新日:2012年02月18日
trnH-psbA(trnH遺伝子とpsbA遺伝子の間のDNA) (3件) データ更新日:2012年02月18日
16S rRNA 菌類(138件) データ更新日:2012年02月18日

・DDBJ
16S rRNA 細菌(150,482件) データ更新日:2012年02月19日(DDBJ リリース87)
gyrB(5,433件) データ更新日:2011年11月25日

■全件のデータベース
データベースの塩基配列全件に対して比較することが可能です。

・バーコードオブライフデータベース
COI(284,800件) データ更新日:2012年02月18日
rbcL(295件) データ更新日:2012年02月18日
ITS(2,300件) データ更新日:2012年02月18日
matK(948件) データ更新日:2012年02月18日
trnH-psbA(trnH遺伝子とpsbA遺伝子の間のDNA) (4件) データ更新日:2012年02月18日
16S rRNA 菌類(586件) データ更新日:2012年02月18日

・DDBJ
16S rRNA 細菌(298,797件) データ更新日:2012年02月18日(DDBJ リリース87)
gyrB(15,730件) データ更新日:2011年11月25日
Calanus (海洋プランクトン) (101件) データ更新日:2011年11月25日
同定対象のＤＮＡ配列:FASTAフォーマットで入力してください。

サンプルデータ：
COI,  rbcL,  ITS,  matK,  trnH-psbA,  16S rRNA 菌類,  16S rRNA 細菌,  gyrB,  Calanus,